Подчеркнем - удаление "классического" FTP сервера - это не уменьшение функционала программы.
Для Windows XP/2003 самый предпочтительный способ работы с FTP - это NAT. Он полноценно поддерживает работу в активном режиме, в пассивном само собой. В сочетании с динамичесой фильтрацией на firewall это полностью решает все проблемы работы с FTP протоколом. Раньше могли быть проблемы с активным режимом, если сервер использовал нестандартные порты. А таких серверов немало.
Для NAT Windows 2000 активный режим не работает, только пассивный. В этом случае предлагается 3 режима прокси -
1. SOCKS. Лучше всего, поддерживается Активный/Пассивный и Чтение/Запись.
2. HTTP/GET. Используется броузерами. Поддерживается Активный/Пассивный и только чтение.
3. HTTP/CONNECT. Только пассивный, остальное зависит от FTP клиента.
"Классический" FTP прокси поддерживал все режимы, но это работало с достаточно продвинутыми FTP клиентами. А такие FTP клиенты, как правило, работают и c SOCKS.